Biogene Abfälle werden zum größten Teil durch Kompostierung und Vererdung stofflich verwertet. Besonders holzige und trockene Fraktionen können in Biomassekraftwerken zur Herstellung von Strom und Wärme genutzt werden.
Eine Verwertungsoption, die sowohl das stoffliche als auch das energetische Potenzial der Bioabfälle nutzt, ist die Vergärung. Neben den landwirtschaftlich und somit stofflich nutzbaren Gärresten entsteht Biogas, das entweder aufbereitet und in das Erdgasnetz eingespeist werden kann oder direkt in einem Blockheizkraftwerk zu Wärme und Strom umgewandelt wird.
Außerdem gewinnen biogene Abfälle als nachhaltiger Energie- und Stoffträger, wie beispielsweise zur Herstellung von Biodiesel, Methanol oder zur Abtrennung von Zellulose, zunehmend an Bedeutung.